정부, AI 중소기업 2559곳 세정지원 연계…창업 5년 이내는 정기 세무조사 선정 제외

중소벤처기업부와 국세청이 11일 정부의 AI 지원사업에 선정된 중소·스타트업 2559곳에 세정지원을 연계한다고 밝혔다. 창업 5년 이내 기업과 그 밖의 중소기업에 적용되는 세무조사 지원 방식은 서로 다르다.

중기부는 올해 AI 모델 개발과 산업현장 적용 등을 위한 20개 사업의 지원기업 명단을 국세청에 넘겼다. 국세청은 이 명단을 바탕으로 세정지원 대상을 확정했다고 두 부처는 설명했다. 2559곳은 새로 모집하는 기업 수가 아니라 기존 사업 지원기업 가운데 연계 대상 규모다.

세무조사 제외와 유예, 적용 조건 달라

창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 선정에서 제외된다. 다른 AI 중소기업은 납세자가 신청하면 조사 착수 예정일부터 2년간 정기 세무조사를 유예하며, 지방 소재 기업은 3년간 유예한다. 두 조치를 모든 기업의 세무조사 면제로 받아들여서는 안 된다.

국세청은 명백한 탈루 혐의가 없는 기업을 신고내용 확인 대상에서도 제외한다. 연구·인력개발비 세액공제 사전심사와 법인세 공제·감면 컨설팅은 우선 처리할 방침이다. 세액공제를 일괄 승인한다는 뜻은 아니다.

납부기한 연장과 환급금 조기 지급 등 자금 운용 지원도 포함됐다. 홈택스 전용 상담 서비스와 전국 세무서 법인세과 상담창구를 마련한다는 계획이다. 보도자료의 세정지원 적용 기간은 올해 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지로 적혀 있다.

지난해 협약의 후속 조치

이번 명단 연계는 두 기관이 지난해 12월 체결한 AI 중소·스타트업 성장지원 협약의 후속이다. 당시 중기부는 기술개발·사업화 지원, 국세청은 세무검증 부담 완화와 상담창구 운영을 협력 과제로 발표했다. 이번 발표에는 실제 연계 대상 기업 수와 사업별 지원 내용이 구체화됐다.

정부 자료는 세무조사 선정 제외와 유예를 정기 조사에 한정해 설명한다. 지원 대상 선정이 개별 기업의 납세 의무나 모든 검증 절차를 없애는 것은 아니다. 혜택별 적용 조건은 기업의 창업 시점·소재지·신청 여부에 따라 구분된다.

대표 이미지: AI 생성 이미지 / 데이마크

자료: 국세청·중소벤처기업부 보도자료(2026.10.11) https://www.korea.kr/common/download.do?fileId=198567925&tblKey=GMN

자료: 중소벤처기업부 업무협약 발표(2025.12.18) https://www.mss.go.kr/site/smba/ex/bbs/View.do?cbIdx=86&bcIdx=1064171